Chùa Phụng Sơn được thiền sư Liễu Thông (1754-1840) [1] tạo lập vào đầu thế kỷ 19, dưới triều vua Gia Long trên nền của một ngôi chùa Chân Lạp cổ, nằm trên một đồi nhỏ bao quanh là ao Bàu Chuông có trồng sen.

Tương truyền, trên đường đi vân du vào phủ Gia Định, thiền sư Liễu Thông trông thấy cảnh trí nơi này thanh tịnh, thích hợp cho việc tu hành, nên dựng một am tranh tại đây, và được người dân quanh vùng gọi bằng một cái tên dân dã là chùa Gò. Một hôm, có một con chim phụng đến đậu trên cây ngô đồng (Firmiana simplex) trước am cất tiếng gáy, thiền sư cho đó là điềm lành, nên đặt tên chùa là Phụng Sơn Tự, có nghĩa chùa trên núi có chim phụng.